Początki systemu HACCP sięgają lat 60-tych XX wieku. System został wymyslony na potrzeby astronautów NASA, którzy musieli odżywiać się w specyficznych warunkach jakie stwarzała przestrzeń kosmiczna. Dopiero później zorientowano sie, ze system HACCP można z powodzeniem zaadoptować do żywienia tradycyjnego.